Важным шагом на пути колонизации внутренних районов Мозамбика было введение в конце XVI в. «систему празу» (празу — пожалование короной земель португальским подданным, отличившимся на колониальной службе). Как правило, владельцами таких земель («празейруш») были выходцы из Португалии, а в дальнейшем также и миссионеры. «Празейруш» получали на длительный срок в бесконтрольное правление обширные земли. Они собирали налоги с местных жителей, устанавливали собственные законы, поставляли рабов на рынки Ближнего Востока, в Индию, а позднее и в Бразилию.
По некоторым данным, в XIX в. до 1850 г., когда в колонии была запрещена работорговля, из Мозамбика вывозилось в среднем до 20 тыс. рабов в год. От работорговли особенно пострадали районы побережья Макуана, Иньямбане и Кабу Делгаду. Власть португальских колонизаторов распространялась главным образом вдоль побережья Мозамбика. Создаваемые ими фактории превращались в крепости, откуда вглубь страны отправлялись миссионеры и военные экспедиции.
Проникновение колонизаторов шло медленно, наталкиваясь на сопротивление Местных племен, правителей Мономотапа и других государственных образований (Баруэ, Маника, Дан-да, Шедима, Теве, Сена). Подкупом и крестом, огнем и мечом, используя междоусобную борьбу за трон и межплеменную вражду, колонизаторы постепенно проникали во внутренние районы. В 1752 г. Португалия учредила на территории нынешнего Мозамбика генерал-губернаторство. Не прекращали своей экспансионистской деятельности на юге Африки и английские колонизаторы. Под давлением английских колониальных войск и африканеров в начале XIX в. часть скотоводческих племен нгони покинула район Наталя и мигрировала в южные районы Мозамбика.